建邺区中医院原名南京市联合医院，创建于1958年，是一所突出中医特色，突出中西医结合，突出专科，能提供综合服务的二级甲等中医院，也是本市单一一家全国示范中医院。还是建邺慈善医疗门诊部，建邺区优抚医疗定点单位，南京市华侨特约服务单位。
南京市建邺区中医院由本部、分部和莫愁分院组成，本部地处莫愁路394号，分部地处河北大街60号（原上新河医院），莫愁分院地处莫愁新寓涌泉里2号（原莫愁卫生院），三部均设立门诊部。实际开放床位100张，接受内、外、妇、儿、针灸、骨伤、肛肠、康复等科的病员，在职职工307人，其中卫技人员245人，有南京市名中医3名，正高级职称8人，副高级职称14人，中级职称68人，拥有全自动生化分析仪、500mA西门子X光机、C臂机、彩超、颈颅彩色多谱勒、24小时动态心电检测仪、纤维胃镜、多功能麻醉机等大型医疗设备55台，专业设备总值720万元，能完全满足二级医疗机构诊疗的需要，医院技术力量和两个效益均居同级中医院之首。医院一直紧紧围绕"一切以病人为中心"的服务宗旨，以"验、便、廉"为指导思想，努力为病人提供质优价廉的医疗服务，病患、家属满意度高。在市卫生局"白求恩杯"竞赛中连续7年榜上有名，获99年度南京市十佳医院，获98-99年度市、区文明单位，获99-2000年度江苏省文明单位等荣誉称号。
南京市建邺区中医院管理规范，临床科室配备齐全，内科擅长治疗心脑血管病、肝硬化；外科积极开展胸腹部大型手术，骨伤科在开展股骨头和全髋置换术的同时还开展了腰椎间盘旋切术，解除了腰椎间盘突出症病人的困苦。市重点专科针灸科由2名市名中医轮流坐诊，在南京享有较高的声誉；乳科运用自行研制的纯中药制剂治疗乳腺小叶增生、黄褐斑有特效；男性科运用八正清淋栓治疗前列腺增生效果显著，中西医结合治疗各类肛肠疾病效果好；小儿按摩科采用传统按摩，对小儿反复呼吸道感染等多种顽症疗效显著，该科完成的科研课题，屡获国家、省、市科技进步奖；结肠炎专科采用江苏省中医药科技成果二等奖、国家发明专利新药，保留灌肠治疗结肠炎效果肯定。
此外医院主动适应医改的需要，积极发展社区卫生服务。目前已开发了柏果树、向阳、集庆、螺丝桥、牡丹里等社区卫生服务站十个，各社区卫生服务站都能积极主动地为社区居民提供便捷的诊疗服务，现医院已形成了覆盖全区大部分地区的社区卫生服务网络。